Bobr patří mezi zvláště chráněné druh zvířat, pro které byl vypracován program péče. Program péče o bobra (https://www.zachranneprogramy.cz/bobr-evropsky/program-pece-pp/) rozděluje ČR do 3 oblastí A,B,C.
Jižní Čechy patří do oblasti C, kde díky vysoké koncentraci rybníků není bobr žádoucí. Bobří aktivitou (tj. hrabáním úkrytových nebo sídelních nor) v hrázích rybníků a v březích stok, které je napájí, může dojít k narušení jejich funkčnosti. Proto je v této oblasti C povolena úplná eliminace bobra (odlov v souladu se zvláštními předpisy).