Protože činnost bobra má dopad na toky a rybníky, je Česká republika rozdělena do oblastí A,B,C dle koncentrace rybníků. Jižní Čechy s nejvyšší koncentrací rybníků patří do zóny C - viz mapa https://www.zachranneprogramy.
V této zóně C je několik kompetentních orgánů ochrany přírody (KU, CHKO, vojenský újezd). NP byl ze zóny C vyjmut.
Povolení odlovu bobrů v kontextu z. č. 114/1992 se provedlo tzv. opatřením obecné povahy (vydává to orgán sám pro tzv. blíže neurčený okruh osob).
Všechna opatření obecné povahy pro všechny zóny v ČR jsou podrobněji uvedeny v níže uvedeném odkaze
https://www.zachranneprogramy.
Pro jižní Čechy je povolen odstřel bobrů. Dle mysliveckého zákona je bobr zvěř, která se však nesmí lovit, poněvadž je chráněný 114.
Aby byl lov možný, musí daný myslivecký spolek zažádat na státní správě myslivosti o povolení odlovu (v návaznosti na § 39 mysliveckého zákona).
V rámci opatření se také mohou odstraňovat bobří hráze pokud ohrožují stabilitu rybniční hráze či znemožňují odtoku vody. Vždy je třeba tuto činnost předem ohlásit na odbor životního prostředí KÚ jihočeského kraje (další podrobnosti viz. odkaz výše).